Hallo, bei mir genau das selbe "Problem".
Verstehe das auch nicht.... finde das aber nicht sooo schlimm.
Das kann ich so nicht bestätigen. 
Habe es gerade mal probiert mit Liedern direkt auf dem USB-Stick und 2 Unterordnern mit Liedern. Diese jeweils bunt gemischt aus unterschiedlichen Alben.
Geht ohne Probleme.
Hast du vielleicht ein oder mehrere Cover als Bilddatei noch mit auf dem Stick drauf? Das die bevorzugt behandelt werden?
Alternativ schau dir mal die Tags mit nem Editor wie MP3Tag an ob da wirklich hinter jedem mp3-file ein Bild liegt.
Hi, am PC sehe ich zu jedem Lied das passende Cover 
Im Auto immer das Cover des 1. Songs - egal ob ohne oder mit Unterordner.
es gibt keine Bilddateien auf dem Stick.
Wie könnte etwas "bevorzugt" behandelt werden!?
Hiiiifle
Damit meinte ich das hier vielleicht ein Bild wo direkt im Ordner mit der Musik liegt (z.B. cover.jpg) Vorrang vor dem im mp3-file hinterlegten Cover hat.
Hast du dir die files mal mit einem TAG-Editor angeschaut? 
Einige Audioprogramme z.B iTunes können Cover an Hand der TAG-Infos anzeigen ohne das diese im mp3-file hinterlegt sind/werden. 
Hat mir iTunes beim einlesen der CDs getagt. Habe Sie dann nur noch überarbeitet. Kannst du aber auch den TAG-Editor anhand der Gracenote Datenbank machen lassen.
Sieht z.B. wenn man einfach ein paar Lieder aus unterschiedlichen CDs zusammenschmeißt so aus:
und gesäubert (Titelnummern neu gesetzt, Dateinamen durchnummeriert, Titel mit Nummer versehen da das R-Link Titel im Album alphabetisch sortiert) so:
Screenshot MP3Tag bereinigt.PNG
wichtig ist, das zu jedem Titel links unten ein Cover hinterlegt ist.
Zu deinem Bild, würde ich hier rein aus dem Bauch heraus mal alle Titel markieren und ihnen einen gemeinsamen Albumnamen geben. Unter Extras fortlaufende Tracknummern vergeben, die Dateinamen im Konverter ins Format "$num(%track%,2) %title%" bringen und speichern.
Ganz wichtig, bei Cover (rechte Maustaste zum bearbeiten) muss/darf nur 1 Stück pro Lied drinn sein.
also nicht so:
Cover.PNG
Viel Erfolg 